L'ensemble des travaux publiés et des recherches de Patrick Tort dans le domaine de l'histoire et de la théorie des sciences biologiques et humaines depuis 1978 peut être divisé en deux catégories :


1. Les travaux qui relèvent d'une recherche personnelle et qui poursuivent un objectif théorique et méthodologique dont il assume entièrement et seul la conduite et la réalisation. Ils s'inscrivent dans le projet central de l'Analyse des complexes discursifs, qui a engagé une tâche de refondation méthodologique de l'« histoire des systèmes de pensée ». Chacun des livres ou articles publiés sous sa seule signature depuis la fin des années 70 illustre un aspect de cette entreprise théorique. Parmi les ouvrages qui relèvent de ce projet figurent en particulier ceux qui ont déjà  pris place dans la série intitulée précisément « Les Complexes discursifs », comprenant jusqu'ici La Pensée hiérarchique et l'évolution (Aubier, 1983) et La Raison classificatoire (Aubier, 1989). Les nouvelles orientations de la recherche darwinienne, dont il est essentiellement question à son propos, sont nées au sein de ce creuset théorique.

2. Les travaux qui mettent en œuvre une collaboration pluridisciplinaire autour de questions importantes de la réflexion scientifique et épistémologique contemporaine. C'est le cas des livres résultant des séminaires et congrès internationaux organisés depuis 1985, du Dictionnaire du darwinisme et de l'évolution publié aux Presses universitaires de France, et de la création en 1997-1998 de l'Institut Charles Darwin International. Ils ont comme thèmes et enjeux principaux depuis plus de quinze ans la biologie de l'évolution, ses répercussions historiques et contemporaines dans les champs disciplinaires des sciences biologiques et humaines, et l'œuvre de Darwin, dont Patrick Tort a entrepris avec son Institut la traduction intégrale et l'édition savante en français (35 volumes programmés aux éditions Slatkine). La nouvelle installation de l'Institut dans un lieu doté d'une structure d'accueil permanente (voir plus loin) a permis dès 2004 de programmer l'extension de ces  activités.