• Charles Darwin, L’Autobiographie de Charles Darwin, 1809-1882, trad. A. Godet, M. Prum et P. Tort. Précédé de P. Tort, « Darwin ou la confidence restituée ». Œuvres complètes de Darwin. Travaux de l’Institut Charles Darwin International, Paris, Champion Classiques, 2022.

• Charles Darwin, L’Expression des émotions chez l’Homme et les animaux, trad. P. Tort. Précédé de P. Tort, « L’origine de la sympathie ». Œuvres complètes de Darwin. Travaux de l’Institut Charles Darwin International, Paris, Champion Classiques, 2021.

• Charles Darwin, Zoologie du voyage du H.M.S. Beagle. Cinquième partie : Reptiles, trad. Roger Raynal sous la direction de P. Tort, coord. par M. Prum. Précédé de P. Tort, « Le secret de l’iguane ». Vol. VI, 2 des Œuvres complètes de Darwin. Travaux de l’Institut Charles Darwin International, Genève, Slatkine, 2019.

• Charles Darwin, Zoologie du voyage du H.M.S. Beagle. Quatrième partie : Poissons, trad. Roger Raynal sous la direction de P. Tort, coord. par M. Prum. Précédé de P. Tort, « Négocier avec la Providence ». Vol. VI, 1 des Œuvres complètes de Darwin. Travaux de l’Institut Charles Darwin International, Genève, Slatkine, 2018.

• Charles Darwin, La Formation de la terre végétale par l’action des vers, avec des réflexions sur leurs habitudes, trad. A. Berra, sous la direction de P. Tort, coord. par M. Prum. Précédé de P. Tort, « Un regard vers la terre ». Vol. XXVIII des Œuvres complètes de Darwin. Travaux de l’Institut Charles Darwin International, Genève, Slatkine, 2016.

• Charles Darwin, Zoologie du voyage du H.M.S. Beagle. Troisième partie : Oiseaux, trad. Roger Raynal sous la direction de P. Tort, coord. par M. Prum. Précédé de P. Tort, « L’ordre des migrations ». Vol. V des Œuvres complètes de Darwin. Travaux de l’Institut Charles Darwin International, Genève, Slatkine, 2015.

• [Collaboration, traduction et préface] Chomin Cunchillos, Les Voies de l’émergence. Introduction à la théorie des unités de niveau d’intégration, Paris, Belin, 2014.

• Charles Darwin, Zoologie du voyage du H.M.S. Beagle. Deuxième partie : Mammifères, trad. Roger Raynal sous la direction de P. Tort, coord. par M. Prum. Précédé de P. Tort, « L’ordre des coexistences ». Vol. IV, 2 des Œuvres complètes de Darwin. Travaux de l’Institut Charles Darwin International, Genève, Slatkine, 2014.

• Charles Darwin, Zoologie du voyage du H.M.S. Beagle. Première partie : Mammifères fossiles. Trad. Roger Raynal sous la direction de P. Tort, coord. par M. Prum. Précédé de P. Tort, « L’ordre des successions ». Vol. IV, 1 des Œuvres complètes de Darwin. Travaux de l’Institut Charles Darwin International, Genève, Slatkine, 2013.

• Charles Darwin, La Filiation de l’Homme et la sélection liée au sexe. Trad. sous la direction de P. Tort, coord. par M. Prum. Précédé de P. Tort, « L’anthropologie inattendue de Charles Darwin ». Vol. XXIII-XXIV des Œuvres complètes de Darwin. Travaux de l’Institut Charles Darwin International, Genève, Slatkine, 2012.

• Charles Darwin, La Filiation de l’Homme et la sélection liée au sexe, même édition que ci-dessus, format poche, Paris, Champion Classiques, 2013.

• Charles Darwin, Journal de bord (Diary) du Beagle. Trad. Marie-Thérèse Blanchon et Christiane Bernard sous la direction de P. Tort, coord. par M. Prum. Précédé de P. Tort, avec la collaboration de Claude Rouquette, « Un voilier nommé Désir ». Vol. I des Œuvres complètes de Darwin. Travaux de l’Institut Charles Darwin International, Genève, Slatkine, 2011.

• Charles Darwin, Journal de bord (Diary) du Beagle, même édition que ci-dessus, format poche, Paris, Champion Classiques, 2012.

• Charles Darwin, L’Origine des espèces [édition du Bicentenaire]. Trad. A. Berra sous la direction de P. Tort, coord. par M. Prum. Précédé de P. Tort, « Naître à vingt ans. Genèse et jeunesse de L’Origine ». Vol. XVII des Œuvres complètes de Darwin. Travaux de l’Institut Charles Darwin International, Genève, Slatkine, 2009.

• Charles Darwin, L’Origine des espècesi> [édition du Bicentenaire], même édition que ci-dessus, format poche, Paris, Champion Classiques, 2009.

• Charles Darwin, La Variation des animaux et des plantes à l’état domestique, même édition que ci-dessous, format poche, Paris, Champion Classiques, 2015.

• Charles Darwin, La Variation des animaux et des plantes à l’état domestique. Trad. sous la direction de P. Tort, coord. par M. Prum. Précédé de P. Tort, « L’épistémologie implicite de Charles Darwin ». Vol. XXI-XXII des Œuvres complètes de Darwin. Travaux de l’Institut Charles Darwin international, Genève, Slatkine, 2008.

• Charles Darwin, Esquisse au crayon de ma théorie des espèces (Essai de 1842). Trad. M. Benayoun, M. Prum et P. Tort. Précédé de P. Tort, « Un manuscrit oublié ». Volume X des Œuvres complètes de Darwin (P. Tort, dir.). Travaux de l’Institut Charles Darwin international, Genève, Slatkine, 2007, 160 p.

• Charles Darwin, La Formation de la terre végétale par l'action des vers de terre, avec des réflexions sur leurs habitudes, Paris, Syllepse, 2001, 200 p. Précédé de Patrick Tort, « Un regard vers la terre ». Deuxième volume (tome 28) de l'intégrale des Œuvres de Darwin.

• Charles Darwin, La Filiation de l'homme, précédé de Patrick Tort, « L'anthropologie inattendue de Charles Darwin », Paris, Syllepse, 1999, 826 p. Premier volume publié (tome 22) de l'intégrale des Œuvres de Darwin.

• Herbert Spencer, Autobiographie (naissance de l'évolutionnisme libéral), précédé de « Spencer et le système des sciences », Paris, PUF, 1987, 560 p.

• La Querelle des analogues (Cuvier / Geoffroy Saint-Hilaire), présentation générale par Patrick Tort, Plan de la Tour, Éditions d'Aujourd'hui, 1983, 304 p. (épuisé).

• A. et A. Schott, Contes roumains, traduits de l'allemand par D. Modigliani, et précédés de « La patience du désir. Programme d'une autre analyse des contes », par Patrick Tort, Paris, Maisonneuve et Larose, 1982, 330 p., carte.

• Maupertuis, Vénus physique. Lettre sur le progrès des sciences, précédé de « L'ordre du corps », par Patrick Tort, Paris, Aubier, 1980, 176 p.

• Warburton, Essai sur les hiéroglyphes des Égyptiens. Édition savante, précédée de « Transfigurations : archéologie du symbolique », par Patrick Tort, Paris, Aubier, 1978, 416 p. + ill.