• Œuvres de Darwin en 35 volumes (direction scientifique et éditoriale, contrôle des traductions), sixième volume publié : Journal de bord [Diary], trad. C. Bernard et M.-T. Blanchon sous la direction de P. Tort, coord. par M. Prum. Précédé de P. Tort (avec la collaboration de C. Rouquette), « Un voilier nommé Désir », Genève, Slatkine, 2011, 622 p.

• Œuvres de Darwin en 35 volumes (direction scientifique et éditoriale, contrôle des traductions), cinquième volume publié : L'Origine des espèces [édition du Bicentenaire], trad. A. Berra sous la direction de P. Tort, coord. par M. Prum. Précédé de P. Tort, « Naître à vingt ans. Genèse et jeunesse de L'Origine », Genève, Slatkine, 2009, 800 p.
Version poche : Paris, Champion Classiques, 2009, 1 000 p.

• Œuvres de Darwin en 35 volumes (direction scientifique et éditoriale, contrôle des traductions), Genève, Slatkine, quatrième volume publié : La Variation des animaux et des plantes à l'état domestique, précédé de Patrick TORT, « L'épistémologie implicite de Charles Darwin », 2008, 956 p.

• Œuvres de Darwin en 35 volumes (direction scientifique et éditoriale, contrôle des traductions), Genève, Slatkine, troisième volume publié : Esquisse au crayon de ma théorie des espèces (Essai de 1842), précédé de Patrick TORT, « Un manuscrit oublié », 2007, 160 p.

• Œuvres de Darwin en 35 volumes (direction scientifique et éditoriale, contrôle des traductions), Paris, Syllepse, deuxième volume publié : La Formation de la terre végétale par l'action des vers, précédé de Patrick TORT, « Un regard vers la terre », 2001, 200 p.

• Œuvres de Darwin en 35 volumes (direction scientifique et éditoriale, contrôle des traductions), Paris, Syllepse, premier volume publié : La Filiation de l'Homme et la sélection liée au sexe, précédé de Patrick TORT, « L'anthropologie inattendue de Charles Darwin », 1999, 826 p.

• Pour Darwin (dir.), Paris, PUF, 1997, 1100 p. [Congrès international]

• Dictionnaire du darwinisme et de l'évolution (dir.), Paris, PUF, 1996, 3 vol., 5000 p. [Ouvrage couronné par l'Académie des Sciences]

• Darwinisme et société (dir.), Paris, PUF, 1992, 700 p. [Congrès international]

• Misère de la sociobiologie (dir.), Paris, PUF, 1985, 191 p.

• Direction éditoriale de l'ensemble des travaux scientifiques publiés sous l'égide de l'Institut Charles Darwin International.